Zweifellos problematisch sind Fälschungen, Manipulationen, Skandale um willkürlich produzierte Forschungsergebnisse, mangelnde Unabhängigkeit wissenschaftlicher Institutionen, u. Ä. – Probleme, welche Zweifel an der wissenschaftlichen Redlichkeit der Forscher und an der Qualität der Forschungseinrichtungen begünstigen, vor allem, wenn der Eindruck entsteht, dass jede noch so absurde Hypothese ‚bewiesen" werden kann (Bsp.: ‚Schokoladendiät"). Die Auftragsforschung hat in diesem Sinne manchmal den Ruf und läuft Gefahr, den Interessen des Auftraggebers gemäß Forschungsergebnisse zu produzieren und Daten zu manipulieren – was mit der Suche nach Wahrheit (vgl. Kap. 2.1) natürlich nichts mehr zu tun hat.